食品工業用水的滅菌，歷來使用以含氯為主的殺菌劑和熱殺菌方法，除此以外，臭氧處理法、紫外線照射法、膜（UF/MF）處理法等新的處理方法。這些方法各有優缺點，必須仔細研究各種方法的性質、適用范圍和注意事項之后，再根據具體條件靈活運用。
一、食品工業用水處理過程中的臭氧
所使用的水水質必須符合飲用水標準。有的必須在水質極限濃度標準備范轉之內，甚至，根據用途的要求需達到無菌純水，由于食品工業最終成品的種類和工廠的規模不同，情況也是各種各樣的。如果不考慮整個操作過程的經濟性和維護和管理問題，那么，在最終階段采用0.22um或0.45um的薄膜過濾器（MF），有可能達到切實滅菌。
臭氧是強氧化劑。臭氧處理法是利用臭氧分解時，生成的新生態氧的氧化作用和分解能力。表1說明在水處理過程中，臭氧的功能和利用目地。
無機物的氧化
A 金屬離子的去除：除鐵、除錳、有機金屬化合物的分解；有害物質的去除：氰、NOx、SOx；亞硝酸等的氧化分解。
有機物的改變
A 脫色；B 減少臭味；C 支除有機物的預處理；提高活性炭的吸咐性；D生物去除：殺菌，病例毒的非活化；E 淤泥的去除，F 有機物合成，維生素的制造；一般藥品的制造。臭氧處理法，除了滅菌作用以外，還有脫色、去臭，使難分解的物質變成容易分解的物質，絮凝作用的改善和提高凈化能力等。因此，在工廠用水和處理方面，臭氧的應用范圍很廣，既可以用于處理原水系，生產用水，也可以處理排水，，但是，作為生產用水使用的來菌手段，，臭氧處理法的復合作用，在有的場合也并不受歡迎。水的紫外線照射滅菌法不是在水中新加入任何不純物，也不是使被處理的水發生任何化學變化，而是在極短的時間內存其設備之內完成滅菌過程。因此，紫外線殺菌方法大多適用于清潔的生產用水滅菌。在儀器工廠用水的微生物控制方面，與制品的質量惡化、腐敗有關的菌種有芽孢菌屬的一般細菌，野生酵母類、絲狀菌類等。
二 臭氧滅菌法
1 臭氧的滅菌機制和滅菌特性：臭氧分解生成氧和新生態氧。此種新生態氧作用于細菌和病毒等的細胞壁和細胞膜，反應在脂質（類脂化事合物）的雙鍵。在進行這一作用時，細胞膜被破壞，而且SH酵素被破壞，從而達到滅菌的效果。對于芽孢桿（Bacillus)菌細菌孢子，用濃度0.3-0.5mg/l的臭氧滅菌劑即可達到滅菌效果。乳酸菌對臭氧的抵抗力很弱。據報告，初始菌數2.3-5.6×109/ml,經臭氧處理30秒種，細菌大多數死去。臭氧的殺菌效果，因微生物種類的不同而有很大差異，這是由于的細胞壁或細胞膜的差異遷成的。用臭氧處理芽桿菌屬的細菌孢子和酵母，需要較長時間，但是，若增加臭氧濃度可使反應時間適當的縮短。在實際使用過程中，可根據菌種確定臭氧的濃度和選定接觸反應時間。
按飲用水標準進行的臭氧滅菌法，接觸反應時間性為5-8分種，臭氧發生器出口處的臭氧濃度為0.4mg/l以上（注入率為2-3mg/l），大多數實例以上述條件為運行管理目標。如果在同樣的系統內，將臭氧的注入率增加至5mg/l，根據實驗結果，經過此種處理的水，一般來說，細菌是不能存活的。
2 水的臭氧滅菌方法，不僅是一個滅菌裝置，而應視為一個滅菌系統。為了建立這樣一個系統，須注意事項。
A 選用具有穩定的臭氧生產能力的臭氧發生機（建議采用LS系列臭氧發生器）。近年來，臭氧發生機的開發研制和技術水平顯著提高。市場上出售的臭氧發生器，各種類型都有，如無聲放電式玻璃管式，同極板式，陶瓷表面放電式等，三菱電機，住友精密，富士電機等一流的制造廠商的制品，其性能達到了國際先進水平。從
B 臭氧原料的精制：除了借助熒光燈制造臭氧或冷藏庫使用的小型臭氧機外，對于工業規模臭氧發生機，作為臭氧原料的空氣精制除理，除塵、 除濕是非常重要的，一般來說：用無聲放電臭氧發生機產生臭氧的濃度， 以空氣為原料時為1-3%，以氧為原料時，為2-6%，如果這個精制處理過程不充分，那么，有僅臭氧的生產效率低，而且原料中的不純物原封不動地、一部分以氮的氧化物形式進入臭氧處理水理系統。用于食品制造的生產用水的臭氧殺菌方法，最好采用純氧或PSA氧濃縮器來供給臭氧原料。
C 水和臭氧的接觸反應時間：臭氧注入量和接觸反應時間，要根據作為殺菌對象的微生物的種類及目標滅菌率而定。可能是由于建造費用的關系，
D臭氧濃度的管理：為了使臭氧滅菌過程可靠的進行，監測臭氧注入濃度和臭氧溶解度是很重要的，要將他們控制在一個合適的范圍內。現在，除了高精度的連續式臭氧濃度測定器，價格低廉的手提式測定器也已研制出來，所以定期進行臭氧濃度測試，并采取補救措施也是必要的。在水的滅菌過程中，不可避免地要將臭氧排到系統之外，所以必須進行除害處理，使排出的臭氧量在允許濃度之下。
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